נדמה שהדרך הטובה ביותר לתאר ולספר את ההיסטוריה של המנין היא דרך הגלגולים השונים של שמו. השם המקורי היה "בירא עמיקתא," ומאז הווסדו, המנין ידוע גם בשמו היידי, "מנין לידער." לפני כארבע-עשרה שנה, עמדה בפני בני משפחת לידר (כולל זליג, אבן דוד, ואברהם) בעיה: איפה ניתן להתפלל בעיה"ק ירושלים בימים הנוראים? הצורך היה במפגש תפלה בו התרגשות והתלהבות, שירה והיסחפות ייחשבו אורחים נכבדים. המשפחה עשתה חישוב מהיר וגילתה שיחד עם הבנים ומורנו מנחם קאלוש, כבר היו שבעה גברים מעל גיל בר מצווה. התקבלה החלטה להתחיל להתפלל במרתף ביתם של מיכל ואברהם בשכונת הקטמונים—ומכאן השם "בירא עמיקתא," המבוסס על הפתגם התלמודי "מאיגרא רמה לבירא עמיקתא," מכיוון שהתחושה היא שתפלה אמיתית נוצרת במעמקים.
בימים ההם, היה קשה להשיג מנין. עם הזמן, המנין עבר לשכונת בקעה ואחר כך לשכונת קטמון, והשם שונה ל"עמיקא דבירא." זהו ביטוי זוהרי שפרושו "עומק הבאר," מכיוון שהתפלה עדיין באה ממעמקים, אולם אנחנו כבר לא במרתף. בשלב זה המנין הפך לפופולרי יותר, והייתה בקשה שניפגש בכל שבת מברכים, ז"א השבת לפני ראש חודש, בנוסף לראש השנה ויום כיפור.
כמענה לבקשה שעלתה באופן אורגני מתוך הקהל, נשים במנין שלנו עולות לתורה וקוראות בתורה מאז 1992. לאחר עיון במקורות ההלכתיים, הוחלט שנשים תוכלנה לעלות לתורה וגם לקרוא בה, בנוסף להשתתפות גם בחלקים אחרים בתפילה. אנו מקפידים על מחיצה בין גברים לנשים בזמן התפילה, בהתאם להלכה. לאחרונה, מניינים נוספים המחויבים להלכה בירושלים ובחו"ל אימצו את צורת התפילה הזו.
הכוונה העיקרית של המנין נשארת הרצון ליצור מפגש תפלה עם עוצמה ופתיחות, בה ישנה אפשרות ללב להיפתח, ולו רק לרגע. כרגע אנו נפגשים במרכז לאומנויות המזרח ברח' חזקיהו המלך 17, ונמשיך כקבוצה כל עוד נרגיש שיש ברוח יכולת להצמיח כנפיים.
